Utilize o programa transgif. É necessário o interpretador "Perl" para o transgif funcionar.
Se a cor que você quer que seja transparente for a primeira cor na palette da imagem, o comando:
transgif 0 telaruim.gif > telaboa.gif
criará um arquivo chamado "telaboa.gif" que é a tela que vocé deseja, com a primeira cor da pallete transparente.
Outro exemplo:
Se a cor que você quer que seja transparente for a oitava cor na palette, o comando
será:
transgif 7 telaruium.gif > telaboa.gif
Para descobrir qual a posição de cada cor na palette, você pode utilizar a opção "ColorEdit" do programa "xv" (no unix), clickar na cor desejada e o programa vai mostrar a posição desta cor na palette.
Se nada disso funcionar ou você quiser saber mais detalhes... Transparent colors in GIF89a